处理公司给客户开票但款被法人收了的情况，首先要根据法律法规进行处理。一般来说，首先应查明是否存在相应的资金转移合同，如果存在，需要催促法人按照合同约定支付相关款项；如果不存在，可以考虑将此事件纳入到公司内部审计过程中，查明实际情况再做决定。 此外，在此类情况中，公司需要注意到，发票的作用是证明向客户提供的产品或服务，而收款账户的使用应当遵守相应的规定，不得擅自转移公司账户，也不得将其用作客户付款账户，以防止公司的合法权益受到损失。 拓展知识： 资金转移合同是指一份具有法律效力的合同，用以确认向另一方支付款项，并明确支付款项的来源，方式和时间。资金转移合同是公司获得资金的有效手段，可以有效地确保企业的合法权益。