企业进行清算时，内部关联往来款和其他往来期末余额应该清零，并将余额补偿到另一方账户中。 首先要弄清楚双方的收支情况，然后根据实际情况确定收支相抵的方法，将双方发生的关联往来款及期末余额清零。 具体的方法可以是在记账确认时，通过多账户归集的方式，将发生的两项收支分别确认在不同的账户上，最后进行结转对冲，将双方余额清零，或者结转入收入或支出类科目中。 另一种方法是通过回收单/预付款单等方式，将双方发生的收支金额分别确认，在期末进行结转时，再进行多账户归集或类科目结转，实现双方期末余额清零。 拓展知识：企业进行清算时，还需要对关联往来款及期末余额是否存在准确的记录，以及金额的准确性进行检查，如不准确及时修改，以保证清算的准确。