电子发票作废流程主要包括三个部分：一是发票管理机构核实发票作废原因；二是填写申请作废表并提交电子数据文件；三是将作废发票标记作废。首先，发票管理机构需要查验发票作废原因是否合理，确认发票是否可作废，如确认可作废，则接着第二步，填写申请作废表并提交电子数据文件，将必要的发票信息文件，以及作废理由、时间和操作人等信息及时上传至发票管理平台。最后，发票管理机构根据上传信息，将发票标记作废，并将作废发票信息及时反馈至申请方。