是的，纳税人丢失税控专用设备中未开的增值税专用发票应当列入异常。主要原因是增值税专用发票是一种重要的税务凭证，具有记载纳税收入的作用，开票人可以根据发票计算税款。所以，纳税人遗失未开的增值税专用发票，将导致记录税款明细和计算税款问题，不利于税务部门管理和监督纳税人，也会影响到税务管理的正常发展和经济效益。因此，纳税人遗失未开的增值税专用发票应该列入异常。