根据税务机关的规定，公司的款打给个人独资企业是可以的。个人独资企业在税收上应该归个人所有，因此当公司向个人独资企业支付款项时，不需要对方的发票，而只需要公司的收据就可以了，这样就能保证款项的正常支付。 此外，该企业应该建立完善的内部财务管理系统，定期备份相关资料，建立营收确认、税金申报等完善的税务管理制度，并将合法的凭证留作实物档案，以便在税务检查时能一一做好证明。 拓展知识：对于个人独资企业，累计销售额每年不超过3000万元或累计购进货物、劳务不超过1千万元的，除企业附加税以外不再征收增值税；累计销售额每年不超过2.4万元或累计购进货物、劳务不超过7.5万元的，不征收增值税、企业附加税及城市维护建设税。