是的，税局系统会自动留抵下个月抵扣。根据国家有关法律规定，企业应符合以下条件：（1）是准予开具增值税专用发票的纳税人；（2）有按照规定开具的增值税专用发票；（3）具有足够的权限及有效的内部控制体系。经核实确认上月开具的发票符合以上条件，则可以在当月申报时选择留抵下月抵扣，最多可以抵扣到第三个月，超出此范围则需在报税时申请补退差额税款。