综合所得年度自行申报是指，在每年的综合所得年度内，纳税人自行申报应纳税的综合所得额，并按照法定的税率计算应纳税额，然后进行纳税缴款。 通过扣缴义务人申报是指，纳税人由于工作发生变动或个人发出的工资收入较少，可以委托扣缴义务人，由扣缴义务人按照规定的税率和金额，代为缴纳个人综合所得税。 从上面的说明来看，自行申报和由扣缴义务人申报主要的区别是，纳税人自行申报只能纳税人自行缴纳，而由扣缴义务人申报可以由税务机关认可的机构代为缴纳。