代收通行费不征税可以在纳税实行免税，或者抵扣相应的税费。通常情况下，在通行费合法发放的情况下，当发生有关政府的减免或免税政策时，这些通行费就可以作为税费减免或者抵扣的项目。比如，在生产类税务管理范围内，通行费可以用于抵扣增值税，而在财务类税务管理范围内，通行费可以用于抵扣收入税。此外，也可以在现行税法中寻求政策空间，制定特殊的减免、免税或者抵扣方案。