离职后的个人所得税系统处理就是根据国家个人所得税法来规定。 一般来讲，当员工离职时，减去一次性补贴、赔偿金及其他收入，首先按照应纳税所得额的形式确定应缴纳的税款，然后对所得税进行缴纳，供纳税人分别缴纳，由其缴纳的税款额减去扫描的减免额，得出最终的应纳税款金额。 案例：比如张某离职后，税务部门根据他的收入和报销等情况计算，他的应纳税款为5000元，减免额为1000元，最终他需要缴纳的个人所得税为4000元。