对于未入账的不开票收入，金税三期可以通过审计或者监控等方式进行检查：1、审计：审计检查中，审计人员可以通过查看收入台账来核实是否存在未入账的不开票收入；2、监控：金税三期收入管理系统可以对不开票收入进行自动监控，及时发现未入账的不开票收入；3、查询：税务登记端可以查询相关台帐，列入查询所有未入账的不开票收入；4、跟踪：审计人员可以通过跟踪检查和现场核实，来完成对未入账的不开票收入的查询和审核。总之，金税三期可以通过审计、监控、查询和跟踪等方式来检查未入账的不开票收入是否存在。