对于收到的合同预付款未开发票的入账，要按照企业的财务管理制度和规定进行处理。首先，应登记出纳登记本中的预付款科目，入账时记账时间为收款日期。其次，应当登记财务工作本中的应付款科目，登记该条款科目，入账时正负值应该相应变化，以保证企业资产负值；最后，应当填写收款单据，把单据报送财务总监审核。总之，企业在收到预付款未开发票的情况下，应按照上述步骤进行入账处理，以确保企业财务的准确和有效的运作。