处理分公司开票总公司收款的一般做法是，分公司应当在开具发票时将发票信息报送至总公司，总公司会根据发票信息在帐套中记账，并向分公司付款。此外，还可以为了更好地记录分公司发票信息，总公司可以在收款时及时采取必要的保管措施，尽可能地收集所有发票信息。另外，总公司和分公司应当按照双方约定规定，在某一时间点自动确认收款，并相互开具发票，以解决分公司发票未开具、收款未记账的问题。例如，可以在总公司收款的同时，对发票信息进行核对，并确认相应的发票被开具，保证发票信息的准确性。