可以。具体来说，人防车库的成本可以在土地增值税清算中扣除。事实上，根据《中华人民共和国土地增值税条例》的规定，当企业依据《中华人民共和国企业所得税法》把财产卖给新的企业时，所产生的费用包括购置价款及必要的装配费、无形资产费用及相关的关税、增值税及残留价款等费用均可作为销项税额的减免项目。同样，人防车库的成本也可以作为销项税额的减免项目。根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定，企业可以在确定应税销售额的基础上，综合各项收入，对各类费用的抵扣征税。