红字发票抵扣联的处理方式是： 1. 首先财务部门负责人对上传的红字发票进行审核，以确定该发票是否有效； 2. 审核通过后，将发票上的现金和抵扣联处理，记入相应的账户； 3. 将发票和抵扣联保留在财务档案中，以作为账务处理的依据。 此外，发票和抵扣联的管理也有很大的关系。确保发票和抵扣联的真实性、准确性和合法性，对于政府税务管理部门的抽查也是十分重要的。因此，每一张发票和抵扣联都要妥善地保管，并及时地向税务机关申报。