专项应付款账务处理主要涉及将专款用于支付指定的支出，如特殊支出、重大支出、定期支出、计划外支出或者按照一定频率见票或不见票进行转账等。需要控制专项应付款的实时状态，如何及时生成凭证，以及如何追溯专项应付款的费用来源等。此外，专项应付款账务处理还包括定期审核、季度预算审核、过程式审核等工作，以及结果评估、决策反馈等控制和反馈机制。