发票应该开具1000元，因为客户餐费为1000元，所以应该开具1000元的发票。餐饮罚款100元，不属于客户，应由上游和本方单位负担，不应再开具客户发票。 例如，一家工厂由于污染环境，被责令缴纳罚金1000元，虽然开具的发票为1000元，但工厂只需要支付900元，剩余的100元由上游和本方单位一起分担。同样，结算餐费1000元结算费用，还要扣100元的餐饮罚款，发票也应该开1000元，而客户只需支付900元，罚款100元也是由上游和本方单位共同分担。