公司申报个税时，应填写的本期收入是实发工资。即扣除社会互助金、商业保险及住房公积金等后的实际应发金额。这两者有一定的区别，实发工资是单位在当月实际付给员工的工资，而应发工资是单位根据本月应发工资政策确定的当月应发给员工的工资，但有可能受到各种社会保险政策的影响，实际付出的金额比应发的金额少。因此，在申报个人所得税时，应填写的是实发金额，而不是应发金额。