农产品扣除率的计算是按照采购价格与最终销售价格之间的差额来计算的。首先，需要根据采购价格计算出农产品的实际成本，然后计算出该农产品的销售价格，最后再把这两个值相减，得出扣除率。 例如，一种农产品在采购时的价格为10元/公斤，最终卖出的价格为15元/公斤，那么，其扣除率就可以计算出来为：(15-10)/15=0.33，即33%。 另外，农产品扣除率也可以按照增值税来计算，即使用当前售价减去原价，再除以原价，得到的增值额÷当前售价，这个差额就是农产品扣除率。因此，计算农产品扣除率的关键是比较采购价格和销售价格，根据具体的情况来计算。