用友项目核算科目的设置要按照会计准则和相关法规规定，首先要按照预算编制科目类别；其次，根据项目分类、业务性质及实际费用情况细化科目类别，将项目费用归类到合适的科目；最后，根据项目的具体情况，可以按照内部规定去设置相应的项目分摊科目。例如，在一个公共建设项目中，需要将建筑工程及配套设备进行统计分摊，可以分设具体的项目科目，如：建筑工程交付费、设备采买费、建筑工程安装费等。