农村合作社会计内部往来的核算是指农村合作社内部各部门之间的资金往来的核算，是指统计记录每一项资金的源头、去向和金额，利用结算单以及明细账核算资金流向，以便收付款双方均能够清晰地了解收付款方资金的变化。核算时必须充分考虑现金流量的方向和规律，确保记账准确性。 拓展知识：在进行农村合作社的经营管理过程中，核算是一项重要的工作，通过把各部门之间、社内各部门与社外客户之间的经济关系正确地纪录，实现了农业经营的流程的有序进行，也使得农村合作社的管理顺畅。