堤围防护费的账务处理主要分为四个步骤：第一步，确定堤围防护费的来源；第二步，根据预算法律法规，将堤围防护费纳入当年有关部门的财务预算中；第三步，根据财政部门相关规定，将堤围防护费申请到财政部门，并办理批复手续；第四步，在完成堤围防护工程的质量验收合格，并签发验收证书，正式结算堤围防护费。在这个过程中，每一步的账务处理都要依据相关规定进行，遵循完整的账务流程，以保证资金安全有效使用。