绿化苗木抵扣税金的申报方法是根据《企业抵扣购置绿化苗木税收优惠办法》要求，企业应当准备抵扣税金申报表和证明材料，并在财政主管部门指定的期限内向税务机关提交。证明材料主要包括购买绿化苗木的付款凭证、发票及苗木的植栽日报表证明，植栽地点苗木的情况、实施单位的承诺书、国家规定的标准等。此外，企业应当在绿化项目完成之前向税务机关申报，必要时可以在合理的期限内补充申报材料。