员工迟到扣款的账目处理主要分以下几步： 1.首先，确认要进行扣款的人员，及其迟到天数，以及迟到次数。 2. 判断迟到扣款标准，根据公司规定计算扣款金额。 3. 操作财务账户，从员工账户中扣除迟到扣款金额，同时分别记录迟到扣款类型及其支出金额。 4. 根据迟到天数及迟到次数，对员工进行相应的处理，如记迟到次数，发出警告，停薪留职等。 案例分析： 假设某公司规定每次迟到一小时，将扣款50元，某员工迟到了3次，分别为1小时、1.5小时和2小时，那么该员工将被扣除150元的迟到扣款。那么在账户上的处理方法如下：首先从员工账户中扣除150元，同时分别记录迟到扣款类型“迟到一小时扣50元”，共计支出150元。