是的，赔偿金要代扣个人所得税。根据国家税收法律，在具有应税性质的收入中，具有代扣代缴义务的为个人所得税，其中赔偿金也要接受个人所得税代扣代缴，收入来源不同，税率也会不一样。税务机关有规定，从事工资性收入的纳税人，可减免200元/月的个税，但是赔偿金的收入不能参与减免个税。 拓展知识：一般来说，赔偿金按收入性质划分分为三类：一是工资性收入，税率为20%；二是非工资性收入，税率为20%；三是社会保险补助，不需要缴纳个人所得税。