设置专项应付款二级科目一般要考虑以下三个方面： 一、根据企业特点和财务分析需要，确定专项应付款二级科目的名称、编码、功能等； 二、确定专项应付款二级科目的层次和分类； 三、确定专项应付款二级科目的成本归属和账务处理方法。 拓展知识：专项应付款只有一级科目，因此可以直接登记应付凭证，也可以先登记在一级科目，然后再转登至二级科目中。二级科目的登记，主要是为了更好的管理费用，方便财务分析、控制和决策。