专款年终处理首先应根据有关财务会计制度和有关财务管理规定制定相应的管理办法。具体包括：1.明确专款用途及使用条件；2.建立完善的财务核算科目体系；3.设置相应的财务管理制度，明确财务报表、明细帐等等；4.明确专款审批流程，完善财务管理措施；5.定期监督专款使用情况，组织专款财务工作检查，对指定人员签发支出收据；6.完善财务报表，实行双重核算；7.定期报送财政部门相关报表；8.严格管理专款流转，及时处理未被支出的专款，做到合规、公平、有序。