独立核算的分公司亏损是指分公司没有获得期望收入，从而产生亏损。一般情况下，总公司确实可以承担分公司的亏损，但是前提是在总公司的股东大会或者董事会的会议上，必须要有大部分投票权的股东或者董事同意。其次，总公司承担分公司的亏损时，除了源于外部因素导致的亏损之外，它不会对分公司内部人为失误所造成的亏损负责，例如错误的管理决策等。最后，为了保证独立核算的分公司的收入能够有效的分配到总公司，总公司也可以提出一定的承担条件，比如承担期间的亏损，或者在未来一定时间内可以延迟分红。