首先，根据税法规定，纳税人应当将增值税申报报表中的税额与实际缴纳的税额保持一致。一旦发现申报增值税税额与系统不一致的情况，应当立即进行调整。 具体的处理步骤如下： 1. 首先，纳税人需要核实申报增值税税额是否真实准确。如果申报的税额不正确，应当在有效的时间内，进行补缴或者退回缴纳的增值税。 2. 然后，纳税人需要通过向税务机关提出申请，及时修改申报增值税税额，保持与系统一致。 3. 最后，纳税人可以按照税务机关的要求，准备相关的申报证明文件，以证明申报增值税税额是正确的。 案例：某纳税人在申报增值税时，发现自己报表中申报的税额与系统记录的不一致。纳税人及时向税务机关报告，准备了相关的证明文件，证明申报的税额是正确的。税务机关核实后，接受了纳税人的申请，将报表中的税额与系统上的统一。