商企直接支付费用的会计核算主要包括以下几个方面： 1、建立支付凭证：根据商企直接支付费用的收入结算凭据，填制好支付凭证，检查该凭证内容是否符合会计准则，并做好签收确认； 2、登记会计账簿：支付凭证准备就绪后，登记会计账簿，主要记录商企直接支付费用的收入，支出，货币资金等数据； 3、检查账簿核对：登记会计账簿后，完成支付凭证的核对，检查是否与实际支出相符； 4、编制结账报表：最终核对完毕后，根据商企直接支付费用的会计账簿，编制结账报表，说明企业收入和支出； 5、编制会计报告：完成结账报表，根据企业收入支出统计数据，编制会计报告，供有关方面查阅及报销使用。 案例：某商企与苹果公司签订供货合同，约定由商企直接支付费用120万元，商企当日转账120万元给苹果公司。公司建立支付凭证，支付凭证准备就绪后，登记会计账簿，完成支付凭证的核对，编制结账报表，根据企业收入支出统计数据，编制会计报告，最终完成商企直接支付费用的会计核算工作。