增量留抵税额均大于零的处理流程如下： 一、首先，根据《企业所得税法》相关规定，企业应当在生产经营活动中缴纳企业所得税，而增量留抵税额均大于零，普通性意味着企业年度纳税申报若具有利润或得利，将要求其付税。 二、其次，根据相关税收规定，如果企业缴纳的企业所得税金额超过了企业增量留抵税额，那么企业将需要补足差额，以达到所需缴税要求。 三、最后，在确定企业增量留抵税额均大于零后，企业还应当对其年度纳税申报信息进行最终确认，确保最终报税信息的准确性，以免由于纳税申报信息不完整而出现问题。