处理退税的专票开具红字发票的程序主要有三步: 第一步：申请方开具正本红字发票，须在税控设备上选择红字发票，在相应的窗口输入红字税号和付款金额，并勾选相应的税种，最后打印正本红字发票； 第二步：对方收到正本红字发票后，凭正本红字发票副本前往税局办理退税； 第三步：申请方收到退税审批批文后，登陆税局系统，进入专票查验管理，通过发票号码和纳税人识别号查询正本红字发票进行审核抵充，审核抵充信息填写完成后，作废红字发票，再将红字发票状态更新为“已作废”； 拓展知识：专票开具红字发票的原因通常是由于发票未结账或者发票数量不足而产生的，若不及时补开红字发票，将无法申请退税。