企业应纳增值税可以分为进项税费和销项税费两部分。根据上述某商业企业的情况，其增值税进项税费包括：40万元原价货物9折，销售价36万元，税率为17%，税额6.12万元；80万元货物价款，税率为17%，税额13.6万元；90万元货物价款，税率为17%，税额15.3万元；运费2万元，税率为6%，税额1.2万元；运费3万元，税率为6%，税额1.8万元，总共进项税费37.72万元。这家企业2019年10月应纳增值税销项税费包括：向消费者个人销售货物，价税合计117万元，税率17%，税额19.89万元；向某商业企业9折销售一批原价40万的货物，税率17%，税额6.8万元；向某供应商收取违约金5000元，税率17%，税额850元。因此，这家企业应纳增值税总额为37.72万元-19.89万元+6.8万元+850元=25.62万元。