公司申报员工个税是通过国家个税普惠平台（GSPTP）进行，GSPTP 是国家税务总局专为企业建立的在线上申报及管理业务的信息化系统，它采用全国统一的登录账户，简化交税流程，确保企业合规便捷申报个税，减轻企业负担。拓展知识：国家税务总局开展网上申报个税，使企业可以多渠道进行申报，例如，通过网上申报、手机APP、微信小程序等，有效提升申报个税的便捷性。