总公司和分公司的税务关系是相关的。根据中华人民共和国税收法，分支机构有自己的独立纳税义务，但两者之间也可以进行税收关联。一般情况下，当分支机构缴纳的税款超过百分之十，或税基未能充分征收时，总公司就需要向税务机关补交差额税款。 拓展知识：从企业所得税税收上来看，如果两家关联企业有正当的发票证明，总公司发给分公司的实际上缴金额不能低于分支机构应缴金额，总公司可以减少实际上缴金额，从而减少企业所得税。