在分公司注销的情况下，总公司和它之间的往来应该采取以下步骤和措施来处理： 1.将全部股东会议决议写在一起，作为分公司关闭的最终决定。 2.制定一个完整的破产程序，清算所有应付款项，如社会保险、税款和其他债务以及相关财务报表。 3.将所有收入和资产转移到总公司。 4.向员工支付离职补偿和其他绩效奖金。 5.完成所有的解约协议，尤其是和租赁方的协议。 6.对分公司的所有记录，包括法律文件、财务报表和员工档案等，做好归档处理并归还给总公司。 7.提交相关的注销申请，随后依据有关部门的要求来办理注销手续。 拓展：在分公司注销后，几乎所有的员工都会失去工作，而且他们可能还需要花费很多钱去寻找新的工作。另外，对于总公司而言，注销分公司还可能会带来损失，因为分公司的资产以及客户资源都将归还给总公司，这样可能会导致客户数量的减少，从而影响总公司的营业额和利润。