应该按照高新企业申请时审计的数据，因为账面上的数据不一定准确，而申请时审计的数据是来自详细核查，可以为税务行政机关提供证明的数据；同时也要加上高新企业的加计扣除，这是报表里的主要数据，对申报高新企业来说是必要的，而且要真实准确填写。在申报时，企业必须搜集所有有关税负减轻政策的相关信息，及时更新申报相关信息，同时要做好预算、期望等规划，以便加强税收规则和减轻税收的实施。另外，也有可能企业应用专案税务特殊优惠，那么在申报时还需要考虑特殊优惠。