海南明峰科技有限公司已经发出商品，并开具增值税专用发票，但货款未收到。在这种情况下，商家应按照国家税法先向税务机关申报增值税，并在收到货款后再向税务机关办理结算手续。 如果货款未能及时收回，商家可以通过催收等方式对货款进行索取，也可以拿出部分现金进行税收结算，依法抵消应缴税款，并减免应缴税款。这种货款抵扣税款的方法可以有效降低商家的负债率，起到一定的财务节约作用。