如果公司银行卡不再使用，有余额的情况下，首先需要从账套里进行清理，可以通过开立新的公司银行卡来将余额转入其中，或者将余额转入其他银行卡中。在清理账套的时候，首先应该对公司账户进行核算、调整，更新公司相关信息，包括收支状况、未决状况等，最后需要将公司银行卡的明细账清理干净，修改公司银行卡的余额，使其等于未决状况的余额。需要注意的是，清理账套时应核实一次未决状况，看看是否有遗漏或错误，以免影响后续处理。