个体户预缴纳税申报需要扣款，当个体户申报的应纳税款大于其收入的时候，那么它的税务机关会对它进行扣款，这样就可以保证它的应税款被按照规定的税务程序支付出去。因此，当个体户申报的应纳税款大于其收入的时候，它的税务机关则会对它进行扣款。 拓展知识：在预缴纳税申报中，个体户除了需要扣款外，还需要补缴税款，以便在满足纳税义务的同时，不出现税款欠缴的情况。这里需要注意的是，个人在补缴税款的时候，一定要做到纳税正常，否则会产生一定的民事责任，并有可能造成更严重的后果。