是的，如果要在经营所得中扣除专项附加扣除，只能在汇算清缴的时候扣除。例如，一般纳税人在汇算清缴税款时可以根据《中华人民共和国个人所得税法》及实施条例的规定，申请扣除额外的专项附加扣除项目。拓展知识：汇算清缴是指企业纳税人业务终结（解体、关闭、准予注销、吊销登记等）前一次总结报税。汇算清缴由汇算、缴纳两部分组成。汇算由纳税人根据税务机关要求报送汇算书，由税务机关核算出企业纳税人在进行业务活动期间应纳税款额；缴纳是指纳税人根据税务机关要求，依法报送汇算清缴表，并将汇算出的应缴纳的税款缴至国库。