首先，企业可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》以及《个人所得税法实施条例》中的相关规定，在纳税申报表上填报减免税项，并交纳有关税款，以及补缴财政部门或者主管税务机关有关税款。 此外，企业也可以向税务机关提交申请，要求税务机关将多缴纳的税款，进行补退改正或者作出其他适当的处理。 拓展知识：税务机关会根据税法法律制度要求，根据企业申报扣款的情况，综合考虑改正的事实情况，针对企业的申请情况给予适当的处理。