作废自然人代开发票的步骤如下： 1. 代开发票人应当立即填写《发票作废申请书》，完整填写发票号码，开票日期，经办人等内容，并附上发票原件； 2. 将发票原件和《发票作废申请书》提交至发票发行机关，发票发行机关审核确认后，即可完成作废； 3. 作废的发票不得再次使用。 拓展知识：自然人代开发票一般适用于小规模纳税人，并且自然人代开发票无须开立账户，只需通过发票官网填写开票信息即可，但是对于作废，需要提供发票原件和作废申请书提交至发票发行机关审核，若不符合规定，则无法作废。