是的，您公司可以利用进项税专票抵扣江苏连云港的项目，甲供材的税款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第四十七条的规定，纳税人在按照有关规定发票的，有权按发票销项税额减免应纳税额。进项税专票抵扣后，这笔税款就可减免，从而节省纳税成本。 拓展知识：当纳税人在进行进项税专票抵扣时，必须将其凭证和发票作为税收减免的基础。若凭证有误或发票不准确，则不得减免其税款。