个体工商户补缴税款首先可以选择网上办理，登录财政部官网，进入“群众办事大厅”，在“税务预约” 栏目下，点击“税收事项预约（个体）”，选择相应的税种，进行申请，支付补缴税款。如果不会使用网上预约，也可以直接到财政部官方认可的税务机构处进行补缴。拓展知识：国家提出的“税收优惠政策”，使得个体工商户在有效减轻税收负担的同时，继续保证个体工商户的正常经营。