物流运输的大货车的通行费，确实可以用ETC充值的，而且是只能开电子普通发票才能作为进项票抵扣，也就是说，只有开具了电子发票，才能用来作为进项票抵扣。而且，物流运输的大货车也可以达到13个点的进项票抵扣，但是，这取决于具体的税票以及税金的处理情况，需要根据具体情况向税务机关咨询。除此之外，如果物流运输的大货车是要按照重量和距离进行收费，一般也可以申请加入重货车方面的补贴，以减轻经营成本。