首先，要整理应付账款，需要对公司清楚的了解每一笔应付款的来源，也就是确定款项的具体期限和该笔款项应付的对象，以及其他相关的财务数据。其次，可以结合审计材料，以确保所有发票和应付账款都已经清楚记录。接下来，公司可以核实一下所有应付账款，并根据合同要求安排付款，并记录到财务系统，以便进行统计和分析。最后，公司可以合理安排付款，将应付账款付清，以确保公司正常的发展和财务安全。