老板垫付的钱，司机应当先将其扣除，然后将剩余金额支付给施工方，以完成工程施工。例如，假设老板垫付给司机1000元，结算时司机应将900元支付给施工方，100元留作手续费（如果有）。拓展知识：为了充分保障司机的权益，建议司机在支付工程施工费用之前，应当开具发票或者其他合法的财务凭证，并且应保留相关的凭证，以免出现任何纠纷。