通行费电子发票可以用来抵扣增值税，由于发票上面已经有准确的记载，因此可以很方便的办理抵扣增值税。具体步骤如下：1. 在发票上报备纳税号；2. 线上抵扣：应发票以及税前项目记载后，可领取抵扣税额的凭证；3. 线下抵扣：通行费发票及凭证经报销审核后，当月及次月纳税可抵扣此凭证。 拓展知识：除了通行费电子发票可以用来抵扣增值税，燃料费、机动车购置税及登记费、车船税也可以抵扣增值税，可以起到一定税收优惠作用。