是的，应该将两家公司分开开票。因为发票内容上的名字和税号必须与转账的公司名称和税号完全一致，如果两家公司名称不一致，则应该将其分开开发票。另外，同一家公司可以一次性开多张发票。 扩展知识：发票也可以分为增值税普通发票、增值税专用发票、电子发票和海关发票等不同类型。此外，发票上有很多文字栏目，例如发票代码、发票号码、开票日期等。