甲公司应当将乙公司作为子公司而不是分公司。如果乙公司作为子公司，甲公司可以在报税时对亏损做出调整，乙公司的亏损可以叠加到甲公司的有效亏损中，以减少甲公司的税收负担。如果将乙公司作为分公司，那么甲公司将不能享受到这一税务红利，从而导致财务负担更大。 拓展知识：甲公司设立乙公司，并不仅仅只考虑亏损和盈利，还有其他一些税务收入、利用品牌买卖资源、投资和技术开发等等都是需要考虑的因素，以及双方的发展和合作模式。另外，还要考虑税务环境、资金配置和风险防控等因素。